Хорошо бы иметь возможность включать VPN для конкретного процесса (и его подпроцессов), а не для всех процессов с заданным именем, так можно будет, например, запустить два экземпляра того же самого браузера но с разными профилями, один с VPN, а другой без.
Удобнее всего такое через переменные окружения было бы сделать, наверно. Например, в .conf файл добавить дополнительный параметр AllowedEnv в котором будет указаваться имя переменной окружения, и включать VPN только для процессов у которых эта переменная установлена.
И потом запускать браузер из .cmd файла, в котором сначала нужная переменная устанавливается.