Добрый день, Дмитрий!
Большое спасибо за ваши теплые слова о WireSock VPN Gateway! Я рад, что он вам нравится и помогает в работе.
Что касается вашего вопроса по wg-quick-config, насколько я помню, действительно, при использовании параметра -add скрипт пересоздает файл конфигурации на основе шаблона config.json, что может привести к потере ручных изменений.
По поводу QR-кода, видимо, происходит аналогичная ситуация — скрипт использует данные из config.json, а не из конкретного конфига пира.
Идея с добавлением аргумента для генерации PresharedKey при добавлении нового пира кажется полезной и не слишком сложной. Я постараюсь найти для нее время. Впрочем, можете принять в этом посильное участие, исходный код wg-quick-config доступен на github.
Если у вас возникнут дополнительные вопросы или предложения, пожалуйста, не стесняйтесь обращаться.
С уважением,
Вадим